蜜蜂的生理奥秘中，消化、呼吸和神经三大系统尤为关键。其消化系统由口、咽、食道、蜜囊、前胃、中肠、小肠、直肠及肛门构成，其中蜜囊，这如同多褶皱的薄膜囊，是蜜蜂储存从花朵中采集的蜜汁、蜂蜜，以及暂时存放食物和水分的秘密仓库。
蜜蜂的呼吸系统则由气门、气管、气囊和微气管构成。气门遍布于体壁两侧，胸部有3对，腹部有7对，通过肌肉的收缩和气囊的压迫，为蜜蜂的各个组织器官输送必需的氧气。而蜜蜂的神经系统则由神经节和神经组成，分为中枢神经系统、交感神经系统和周缘神经系统。中枢神经系统由脑和腹神经索组成，负责调节蜜蜂的感觉器官、运动中枢和腺体的功能。
